详细内容（前10条）

1. ⭐ GSE308020 整合多组学揭示结直肠癌淋巴结转移的潜在机制和微生物生物标志物

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：cancer、lymph、regex:lymph(o|atic)?、regex:micro(b|be|bial|organism)
• 📝 描述：Contributors : Min Seob Kwak ; Jae Myung Cha ; Chang Woo Kim ; Kyu Yeoun Won ; Chang-Il HwangSeries Type : Expression profiling by high throughput sequencingOrganism : Homo sapiensUnderstanding and accurate diagnosis of lymph node metastasis (LNM) for patients with colorectal cancer (CRC) is essential to determine treatment and follow-up strategies. Therefore, in this study, we aimed to elucidate the biological process and identify the potential biomarker for LNM in CRC. In total, 12 significant DEGs between the patients with and without LNM were identified, consisting of significantly upregulated S100A8 gene, a proinflammatory gene. The GSEA revealed that gene sets involving “MULTI CANCER INVASIVENESS” in terms related to epithelial-mesenchymal transition was significantly upregulated in the patients with LNM. Integrated functional analysis of DNA methylation with transcriptome profile shows that significantly hypomethylated promoters of the genes are enriched for LNM. The phylum Proteobacteria, unassigned (p_PU) presented significantly higher proportions in cancer tissues from the adjacent normal tissues. Notably, when compared to the patients without LNM, the gut microbiota of those with LNM appears to exhibit a significantly lower abundance of the p_PU, indicating its potential as promising biomarker for LNM in CRC. We explained the mechanism of tumor spreading using multi-omics analysis and identified the relevant metagenomic biomarker to predict the LNM in CRC by the recognition of host-microbial interaction, thereby can make the cancer surveillance of the patients more individualized and convincing.
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2. ⭐ GSE300380 卡波西肉瘤患者的空间转录组学揭示免疫逃逸机制

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：immune、spatial、spatial transcriptomics、transcriptomics
• 📝 描述：Contributors : Joseph M Ziegelbauer ; Afsari Bahman ; Knudsen-Palmer DaphneSeries Type : OtherOrganism : Homo sapiensWe performed Visium Spatial on Seven Skin Samples with Kapiosi Sarcoma tumor. For four of the samples, we included custom probes for five KSHV genes that allowed us to measure human and KSHV expression patterns at the same time.
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3. ⭐ GSE284196 衰老对短寿绿松石鳉鱼肠道的影响：肠道干细胞活性降低与基因表达改变相关，而间歇性禁食可逆转这种改变

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：aging、gut、regex:gut(-?microbiome)?、regex:intestin(e|al)
• 📝 描述：Contributors : Michael Kothmayer ; Sylvia Laffer ; Phillip Widmayer ; Elmar E Ebner ; Fehima Ugarak ; David Martin ; Stefan H Geyer ; Kareem Elsayad ; Wolfgang J Weninger ; Sabine Lagger ; Klara Weipoltshammer ; Oliver Pusch ; Christian SchöferSeries Type : Expression profiling by high throughput sequencingOrganism : Nothobranchius furzeriThe process of aging is associated with a decline in cellular, tissue, and organ function, which give rise to a range of health issues. Mounting evidence indicates that dietary restriction counters age-dependent effects and increases and enhances health and longevity in whole organisms, while less is known of aging and nutrition on individual organs of an organism. Here, we studied the responsible organ for nutrient uptake, the intestinal tube, along the lifetime of an organism. A longitudinal study was conducted on the morphology and gene expression of the gut tubes of the very short-lived aging model system African turquois killifish (Nothobranchius furzeri). The aim was to investigate the age and nutrition-related effects on gut tissue preservation at stages corresponding to human newborn, adolescence, adult and old age. The intestinal mucosa is characterized by folds and intervening interfold regions, in which the intestinal stem cells were localized. The stem cells were found to occur in clusters and that the cycling time of stem cells extends at old age. Concomitantly, we found a reduction in intestinal length and volume with age. Age-dependent gene expression revealed significant alterations in the expression of peripheral circadian clock genes and marker genes of stem cell niches. Notably, the majority of these genes retained their adult gene expression levels at old age after dietary restriction. Thus, our results demonstrate that the decline of structural intestinal tissue homeostasis is caused by a declining activity of stem cells, and that these effects are counteracted by dietary restriction
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4. ⭐ GSE277274 多组学测序揭示光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中的表观遗传调控 [ATAC-seq]

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：carcinoma、sequencing、ATAC-seq、epigenetic
• 📝 描述：Contributors : Yazhou Sun ; DanDan Zou ; Xinjie Li ; Jiaying Liu ; Ke He ; Xianxin Lai ; Yutong He ; Tianshun Gao ; Xin Li ; Li HeSeries Type : Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencingOrganism : Homo sapiensCutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) is an important type of skin cancer. It is difficult to diagnose and treat, which seriously endanger people’s the physical and mental health. Actinic keratosis (AK) induced by ultraviolet radiation is the precancerous lesion of cSCC. The mechanism of occurrence and development of cSCC is still unclear, and the research on epigenetics is even less. In this project, we intend to study the mechanism of cSCC, especially the transformation from normal skin to AK, cSCC and the metastasis in late stage of cSCC, using multi-omics sequencing technology with experimental methods. Through the integrated analysis of multi-omics information such as DNA methylation, RNA methylation, chromatin accessibility and transcriptome, we obtained the epigenetic map of different stages of cSCC and identified the potential key epigenetic driving factors for cSCC. This project provided an important scientific basis for the clinical treatment and drug development of cSCC, as well as method reference for the study of other cancers.
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5. ⭐ GSE277273 多组学测序揭示光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中的表观遗传调控 [850K DNA 甲基化芯片]

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：carcinoma、sequencing、epigenetic、methylation
• 📝 描述：Contributors : Yazhou Sun ; DanDan Zou ; Xinjie Li ; Jiaying Liu ; Ke He ; Xianxin Lai ; Yutong He ; Tianshun Gao ; Xin Li ; Li HeSeries Type : Methylation profiling by genome tiling arrayOrganism : Homo sapiensCutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) is an important type of skin cancer. It is difficult to diagnose and treat, which seriously endanger people’s the physical and mental health. Actinic keratosis (AK) induced by ultraviolet radiation is the precancerous lesion of cSCC. The mechanism of occurrence and development of cSCC is still unclear, and the research on epigenetics is even less. In this project, we intend to study the mechanism of cSCC, especially the transformation from normal skin to AK, cSCC and the metastasis in late stage of cSCC, using multi-omics sequencing technology with experimental methods. Through the integrated analysis of multi-omics information such as DNA methylation, RNA methylation, chromatin accessibility and transcriptome, we obtained the epigenetic map of different stages of cSCC and identified the potential key epigenetic driving factors for cSCC. This project provided an important scientific basis for the clinical treatment and drug development of cSCC, as well as method reference for the study of other cancers.
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6. ⭐ GSE305314：单细胞和空间转录组学揭示AD tau蛋白病模型中的细胞间信号传导和突触解体

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：single-cell、spatial、spatial transcriptomics、transcriptomics
• 📝 描述：Contributors : Jeff X Ji ; Brian L Giles ; Surjyadipta Bhattacharjee ; Marie-Audrey I Kautzmann ; Alisdair P Masson ; Sonia Do Carmo ; Claudio Cuello ; Nicolas G BazanSeries Type : Expression profiling by high throughput sequencing ; Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing ; OtherOrganism : Rattus norvegicusAlzheimer’s disease (AD) is the leading cause of dementia in elderly individuals worldwide; however, all the mechanisms leading to its onset and progression are not fully understood. Here, we report single-cell multiome and spatial transcriptomics analysis of the brain in a transgenic rat model of human-like tauopathy. In this advanced transgenic model, we have identified new markers of a tau-driven AD pathology and provided single-cell evidence for previously known genes implicated in AD. Our findings reveal how tau pathological hyperphosphorylation and aging alter ligand-receptor communication, transcription factor regulatory networks, and specific cellular networks. Notably, we found intriguing changes in cell communication involving glutamatergic transmission and netrin signaling as a consequence of the tauopathy. Overall, this study reinforces the concept of synaptic dysfunction as a hallmark of AD and highlights potential targets for future mechanistic investigations or novel therapeutic strategies.
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7. ⭐ GSE309051 幽门螺杆菌相关胃癌中癌症相关成纤维细胞介导的免疫调节的空间和功能解析 [LACE-seq]

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：cancer、immune、spatial
• 📝 描述：Contributors : Bonan Chen ; Hongzhen TangSeries Type : OtherOrganism : Homo sapiensWe identify four transcriptionally and spatially distinct CAF subtypes with differential immune associations across histological and infection-defined subtypes of GC. Notably, in H. pylori-positive tumors, THBS1+ CAFs exhibit a strong spatial association with regulatory T cells and are linked to local immunosuppression via WNT-FZD interactions. In parallel, the RNA-binding protein ZFP36 post-transcriptionally represses FN1 expression, thereby attenuating FN1+ CAF-mediated cytotoxic T cell engagement.
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8. ⭐ GSE308624 幽门螺杆菌相关胃癌中癌相关成纤维细胞介导的免疫调节的空间和功能解析

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：cancer、immune、spatial
• 📝 描述：Contributors : Bonan Chen ; Hongzhen Tang ; Xiaohong Zheng ; Fuda Xie ; Peiyao Yu ; Yang Lyu ; Tiejun Feng ; Jialin Wu ; Jingya Liu ; Yi Xu ; Alvin H Cheung ; Canbin Fang ; Zhangding Wang ; Shouyu Wang ; Justin C Cheung ; Yujuan Dong ; Chi C Wong ; Jun Yu ; William K Wu ; Wei Kang ; Kam T Leung ; Ka F ToSeries Type : OtherOrganism : Homo sapiensWe performed high-plex spatial molecular imaging (NanoString CosMx SMI) on 200,182 cells collected from 71 gastric cancer samples.
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9. ⭐ GSE277275 多组学测序揭示光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中的表观遗传调控 [m6A-seq]

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：carcinoma、sequencing、epigenetic
• 📝 描述：Contributors : Yazhou Sun ; DanDan Zou ; Xinjie Li ; Jiaying Liu ; Ke He ; Xianxin Lai ; Yutong He ; Tianshun Gao ; Xin Li ; Li HeSeries Type : OtherOrganism : Homo sapiensCutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) is an important type of skin cancer. It is difficult to diagnose and treat, which seriously endanger people’s the physical and mental health. Actinic keratosis (AK) induced by ultraviolet radiation is the precancerous lesion of cSCC. The mechanism of occurrence and development of cSCC is still unclear, and the research on epigenetics is even less. In this project, we intend to study the mechanism of cSCC, especially the transformation from normal skin to AK, cSCC and the metastasis in late stage of cSCC, using multi-omics sequencing technology with experimental methods. Through the integrated analysis of multi-omics information such as DNA methylation, RNA methylation, chromatin accessibility and transcriptome, we obtained the epigenetic map of different stages of cSCC and identified the potential key epigenetic driving factors for cSCC. This project provided an important scientific basis for the clinical treatment and drug development of cSCC, as well as method reference for the study of other cancers.
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10. ⭐ GSE262964 抗坏血酸通过结合 Myh9 蛋白和富集肠道菌群 Akkermansia muciniphila 来增加 CD8+ T 细胞，改善中年小鼠的认知水平 [scRNA-seq]

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：scRNA、gut、regex:gut(-?microbiome)?
• 📝 描述：Contributor : Hailiang LiuSeries Type : Expression profiling by high throughput sequencingOrganism : Mus musculusImmunosenescence hastens the process of systemic aging and impacts cognitive function, with antioxidants potentially ameliorating these consequences. This research systematically assessed the impact of ascorbic acid (vitamin C) on immunosenescence and cognitive function in middle-aged and elderly mice. The findings demonstrated a notable rise in peripheral blood lymphocytes, a decline in myeloid immune cells, and enhanced cognitive performance. In vitro studies indicated that ascorbic acid facilitated the differentiation of mouse hematopoietic stem cells (HSCs) and spleen monocytes into CD8+ T cells, with its efficacy primarily mediated by its interaction with the binding protein Myh9. Additionally, a positive correlation was observed between CD8+ T cells and cognitive function. Furthermore, a distinction exists between the efficacy of oral and intravenous administration of ascorbic acid in enhancing cognitive function, potentially attributable to the modulation of the gut microbiome Akkermansia muciniphila. Intravenous delivery notably enhances A. muciniphila abundance and significantly enhances cognitive performance in middle-aged and elderly mice, whereas oral ascorbic acid supplementation increases CD8+ T cell count and cognitive function in this demographic only when co-administered with A. muciniphila. This study demonstrated that the administration of ascorbic acid can mitigate immunosenescence and, in conjunction with A. muciniphila, improve cognitive function in mice. These findings offer a mechanistic rationale for utilizing immunomodulatory interventions to enhance cognitive function, underscoring the significance of selecting the optimal route of administration for achieving the intended effects.
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1. ⭐ 通过扩展基于 DNA 甲基化的分类，推动中枢神经系统肿瘤诊断的进展

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：肿瘤、神经、甲基化
• 📝 描述：Secret hovertext: 基于 DNA 甲基化的分类现已成为当代神经肿瘤学的核心，世界卫生组织（WHO）对中枢神经系统（CNS）肿瘤的分类尤为突出。我们呈现海德堡 CNS 肿瘤甲基化分类器 12.8 版（v12.8），该版本基于 7,495 个甲基化谱进行训练，将已知实体从版本 11（v11）的 91 类扩展到 184 个子类。这一扩展得益于我们通过大型在线数据库和全球合作发现的新肿瘤类型，凸显了中枢神经系统肿瘤的异质性。基于随机森林的分类器实现了 95%的子类级准确率，其校准良好的概率分数为每个分类提供了可靠的置信度量度。其层级产出结构支持跨亚类、阶级、家族和超级家族层面的解释，从而支持多粒度的临床决策。比较分析显示，v12.8 优于以往版本和基于世卫组织的传统方法。这些进展凸显了更新分类器在个性化神经肿瘤学中精度和实用性的提升。
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2. ⭐ 一项纵向单细胞图谱，用于预测 BCMA 导向 CAR T 细胞治疗后多发性骨髓瘤的结局和毒性

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：T细胞、B细胞、单细胞
• 📝 描述：Secret hovertext: 针对 B 细胞成熟抗原（BCMA）的嵌合抗原（CAR）T 细胞疗法正在转化复发或难治性多发性骨髓瘤（RRMM）的治疗。我们分析了 61 名接受 idecabtagene vicleucel（Ide-cel;n = 34）或 ciltacabtagene autoleucel（Cilta-cel;n = 27）发现 Cilta-cel 实现了更高的完全反应（CR）率（78%对 38%），且无进展期更长。利用 135 个血样的纵向单细胞多组学图谱，我们表明 Cilta-cel 诱导与 CR 及免疫相关毒性相关的 CD4+ 细胞毒性 T 细胞的扩增，而非 CR 的 CD8+ T 细胞则表现出效应因子程序受损。在非 B 细胞中，质细胞样树突状细胞（pDCs）表现出最高的 BCMA 表达，BCMA 靶向药物能消灭成质细胞样树突状细胞系，这表明该病提供了新的治疗途径。可溶性 BCMA 减少幅度较大，与
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3. 联合用药对接受免疫检查点抑制剂癌症患者的治疗结果的影响。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：癌症、免疫
• 📝 描述：Secret hovertext: 在抗癌治疗过程中，癌症患者常被开具药物以对抗同时的健康问题并缓解癌症相关副作用。尽管有新证据表明许多常用处方药具有免疫调节特性，但令人惊讶的是，关于它们与免疫检查点抑制剂（ICI）在癌症治疗中的相互作用知之甚少。本综述概述了近期进展，描述了联合用药对 ICI 介导治疗反应及相关免疫相关不良事件的影响，以及将免疫调节药物用于其他共病以提升 ICI 治疗效果的潜力。
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4. 微卫星不稳定性和肿瘤突变负荷在预测免疫检查点抑制剂在转移性阉割抵抗性前列腺癌中有效性的临床附加效用。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：肿瘤、免疫
• 📝 描述：Secret hovertext: 背景 免疫检查点抑制剂（ICI）在未选定的转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）患者中疗效有限。然而，ICIs 已批准用于生物标志物定义的子集：微卫星不稳定性高（MSI-H）和/或高肿瘤突变负荷（TMB-H）。然而，ICIs 在 TMB-H 病中疗效但对 MSI-H 无效的疗效尚不明确，且评估 mCRPC 中血液基 MSI（bMSI）相关 ICI 结局的数据有限。方法 本研究使用了美国去识别的 Flatiron Health-Foundation Medicine 前列腺癌临床基因组数据库（FH-FMI CGDB）。通过支持 FDA 批准 CDx 用于 pembrolizumab 的算法评估的组织评估 MSI（tMSI）和 TMB（tTMB）状态的患者，纳入了单剂 ICI 治疗的患者。另外，评估了与 ICI 相关的结局或 bMSI 结果。若采用单剂 ICI 或紫杉醇治疗，则纳入。结果 在 2965
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5. FET 重排的肌上皮肿瘤临床上异质且表观遗传不同于 PLAG1 重排的附件和唾液腺肌上皮肿瘤。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：肿瘤、表观遗传
• 📝 描述：Secret hovertext: 目的融合阳性肌上皮肿瘤（MET）在临床病理学上具有异质性，且有多种称呼为混合肿瘤和肌上皮癌。由于 FET 重排 MET 缺乏导管/上皮分化，我们测试 FET 重排 MET 是否与附着 PLAG1 重排 MET 在表观遗传上有区别，后者我们假设是唾液腺 MET 的类似物。实验设计对 52 例融合阳性皮肤、软组织和骨骼 MET 病例进行多机构队列 DNA 甲基化分析，并与包括唾液 MET 在内的多种肿瘤类型进行比较。MET 子组包含 EWSR1：KLF15、EWSR1/FUS：KLF17、EWSR1：:P BX1、EWSR1：:P BX3、EWSR1/FUS：:P OU5F1、SS18：:P OU5F1、EWSR1：：ZNF444 和 PLAG1 的重排。进行了临床病理学和结局分析，包含新病例和已发表病例（共 185 例）。结果。MET 亚组在年龄、部位和组织学上表现出显著异质性。具体来说，EWSR1：：KLF15
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6. 肿瘤细胞与脂质相关巨噬细胞融合推动乳腺癌转移性进展。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：肿瘤、巨噬细胞
• 📝 描述：Secret hovertext: 肿瘤内异质性支持癌症进展和转移，同时限制治疗效果。对乳腺癌异质亚克隆的全面生物学特性，可能在抗击这一致命疾病方面具有希望。通过单细胞转录组分析和对多位乳腺癌患者原发肿瘤、转移及循环肿瘤细胞的原位分析，我们鉴定出独特的 EPCAM+ CD68+ TREM2+肿瘤亚群，可能源于肿瘤细胞与脂质相关巨噬细胞（LAM）的融合。这些肿瘤-LAM 融合细胞在血液中或不同转移部位的存在与转移进展显著相关。体外建立的稳定融合克隆系在小鼠中显著增强了增殖、肿瘤起始和转移形成。整合分子和功能分析揭示了 SNX10 在介导肿瘤-LAM 融合中的关键作用。在机制上，SNX10 与磷脂扰乱酶 ANO6 物理相互作用，并通过抑制蛋白酶体介导的降解维持其蛋白质稳定性。此外，转录因子 CBX3 直接靶向 SNX10 启动子并调节其表达。融合细胞在体外和体内积累大量细胞内脂滴，且对辛伐他汀治疗高度敏感。本研究共同揭示，CBX3-SNX10-ANO6
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7. 肿瘤起始干细胞工程免疫

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：肿瘤、免疫
• 📝 描述：Secret hovertext: 免疫疗法重塑肿瘤微环境与癌细胞之间的相互作用。在本期《 癌细胞》 杂志中，郭等人揭示了 SOX2 高肿瘤起始干细胞在免疫治疗后重编程阻断干扰素诱导重编程的中性粒细胞，维持其肿瘤-基质界面的前肿瘤表型。
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8. 胰腺癌类器官重现化疗反应，并识别出强效的细胞毒性 T 细胞群。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：T细胞
• 📝 描述：Secret hovertext: 目的 胰管腺癌（PDAC）结局不理想，强调需要确定基于精准的治疗方式。我们的目标是利用患者来源类器官（PDOs）预测潜在联合疗法中最有效的单个成分。实验设计：从切除的 PDAC 组织中建立了自身富含肿瘤的αβ和γδ肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和 PDO 培养物。PDO 的特征包括免疫染色、靶向下一代测序以及采用标准多药化疗方案的药物筛查。通过流式细胞术、测序和对自体 PDO 的效力进行扩充 TIL 培养物的分析。结果 PDO 培养成功率达 80%。除了忠实重现母体肿瘤的分子和组织学特征外，PDO 还在 36 天临床相关时间内进行了充分扩展，以便药理分型。值得注意的是，PDO 化疗敏感性与患者血清 CA-19-9 动态及无复发生存率相关。此外，扩增的γδ富集 TIL 支持αβ TCR+细胞的激活，并在对自身同体 DPO 靶点的反应中表现出更强的功能。重要的是，γδ T 细胞浸润于胰腺肿瘤组织与整体生存率的提高有关。结论
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9. 使用西来昔单抗治疗的 III 期结肠癌循环肿瘤 DNA 预测作用：CALGB（联盟）/SWOG 80702 三期随机临床试验的后续分析。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：肿瘤
• 📝 描述：Secret hovertext: 重要性 观察性研究已将阿司匹林和选择性环氧合酶抑制剂与结肠癌患者复发率降低和生存率提升相关。虽然随机临床试验尚未显示所有患者均有益处，但这些发现表明某些亚组可能从使用中受益。尽管循环肿瘤 DNA（ctDNA）的预后价值已被充分证明，但其在指导治疗中的作用仍不明确。目的：探讨佐用塞勒柯昔比与传统化疗结合术后 ctDNA 对 III 期结肠癌患者生存结局的预测价值。设计、环境与参与者 本研究为 3 期癌症与白血病 B 组（现为联盟）/西南肿瘤学组 80702 随机临床试验（2010-2015 年）的事后分析，评估了佐剂塞来昔比对安慰剂及 3 个月对 6 个月的佐剂 5-氟尿嘧啶、白须膧和奥沙利铂治疗 III 期结肠癌。患者同意采集生物样本并进行了 CTDNA 分析。数据分析于 2024 年 9 月至 2025 年 6 月期间进行。暴露 术后 ctDNA 阳性通过临床验证、肿瘤知情16-plex
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1. 每天喝咖啡可能延缓精神疾病患者的生物衰老。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：aging
• 📝 描述：Researchers studying people with major psychiatric disorders found that drinking up to four cups of coffee a day is associated with longer telomeres. This suggests a potential slowing of biological aging by about five years. However, drinking five or more cups showed no benefit and may even contribute to cellular damage. Coffee’s antioxidant and anti-inflammatory properties may help explain the effect.
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2. 以黄蜂为食的蛙类表现出惊人的毒液抵抗力。

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：resistance
• 📝 描述：Experiments reveal that pond frogs can eat highly venomous hornets without suffering noticeable damage, even after repeated stings. Most frogs successfully consumed hornets, including the notorious Asian giant hornet. This unusual resilience suggests that frogs may have evolved mechanisms to block the effects of venom. Their resistance could help scientists uncover new insights into pain and toxin tolerance.
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3. VarRNA——基于RNA-Seq数据的变异检测

• ✍️ 作者：未知作者
• 🏷️ 关键词：RNA-seq
• 📝 描述：RNA sequencing reveals how cancer related variants are expressed, with VarRNA uncovering allele specific patterns that deepen insight into tumor biology…
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• GSE262962 抗坏血酸通过结合 Myh9 蛋白和富集肠道菌群 Akkermansia muciniphila 来增加 CD8+ T 细胞，改善中年小鼠的认知水平 [RNA-seq]
• GSE247590 T淋巴母细胞淋巴瘤/白血病复发和耐药分子机制研究
• GSE302514 表位靶向调控的持续信号传导控制弥漫性中线胶质瘤中 CAR-T 细胞的适应性和抗肿瘤活性 [RNA-Seq]
• GSE285164 靶向 CD161 抑制性受体增强骨髓驻留记忆 CD8+ T 细胞介导的抗多发性骨髓瘤免疫 [CART scRNA-seq]
• GSE285163 靶向 CD161 抑制性受体增强骨髓驻留记忆 CD8+ T 细胞介导的抗多发性骨髓瘤免疫力 [CART RNA-seq]
• GSE285162 靶向 CD161 抑制性受体增强骨髓驻留记忆 CD8+ T 细胞介导的抗多发性骨髓瘤免疫力 [小鼠 RNA-seq]
• GSE282383 KLK1 通过 B1R 介导的 ECM 通路抑制结直肠炎症-癌变转化
• 利用新一代测序技术进行的全基因组分析（GSE281112）揭示了膳食EPA+DHA对临床相关结直肠癌模型中化疗引起的肌肉毒性的保护作用
• GSE264607 单细胞测序揭示结直肠癌转化的分子靶点
• GSE237524 光敏寡核苷酸与拓扑施加的光梯度相结合，可实现空间分辨的单细胞转录组学和表观基因组学
• GSE240526 TET1介导的DNA羟甲基化控制癌症中的铁死亡抵抗[ChIP-seq]
• GSE240524 TET1介导的DNA羟甲基化控制癌症中的铁死亡抵抗[RNA-seq]
• GSE310339 TBX21 通过增强 Treg 细胞的比例来调节免疫抑制微环境，从而促进前列腺癌的进展。
• GSE308395 南非胆囊癌患者差异表达基因及其相关免疫细胞类型的鉴定
• GSE306095 墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者的DNA甲基化特征
• GSE304385 KAT2A 驱动的 SRSF11 琥珀酰化增强剪接体介导的 RAD52 剪接，从而促进肝细胞癌的同源重组和放射抗性 [RNA-seq]
• GSE291357 短期饥饿通过重塑肝细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞来增强抗PD-L1疗法
• GSE291006 EZHIP 在人类神经模型中增强神经元样突触基因程序并抑制多胺代谢
• GSE279280 高脂饮食和内毒素血症通过炎症相关的致癌作用促进食管胃交界处肿瘤的发生
• GSE272182 N6-甲基腺苷修饰cLMNB1通过破坏FGFR4的稳定性克服非小细胞肺癌中的奥希替尼耐药性
• GSE270361 APC 协调 GSK3 对 SETD8 的磷酸化以抑制结直肠癌 [RNA-seq]
• GSE270360 APC 协调 GSK3 对 SETD8 的磷酸化以抑制结直肠癌 [ChIP-seq]
• GSE256532 灵长类动物驻留记忆 T 细胞激活体液免疫和基质免疫 [批量 RNA 测序]
• GSE252572：单细胞转录组分析揭示术后谵妄患者免疫系统的特征
• GSE308314 急性淋巴细胞白血病幸存者晚期神经认知缺陷的DNA甲基化改变：NPG队列
• GSE308132 人类阿尔茨海默病脑的单细胞多组学和多区域图谱
• GSE306302 Ribo-TRAPseq 揭示了秀丽隐杆线虫前肠和后肠在代谢调控中具有空间上不同的作用
• GSE305987 持续信号编码调控 CAR-T 细胞在弥漫性中线胶质瘤中的疗效
• GSE304618 KDM8 是缺氧诱导胰腺癌转移异质性的主要调控因子 [ChIP-Seq]
• GSE304609 KDM8 是缺氧诱导胰腺癌转移异质性的主要调控因子 [RNA-Seq]
• GSE304605 KDM8 是缺氧诱导胰腺癌转移异质性的主要调控因子 [ATAC-Seq]
• GSE304604 KDM8 是缺氧诱导胰腺癌转移异质性的主要调控因子 [scRNA-Seq]
• GSE304599 KDM8 是缺氧诱导胰腺癌转移异质性的主要调控因子 [批量 RNA 测序]
• GSE304256 基于嵌合血凝素的通用流感mRNA疫苗在恒河猴中诱导保护性免疫和骨髓浆细胞
• GSE302513 表位靶向调控的持续信号传导控制弥漫性中线胶质瘤中 CAR-T 细胞的适应性和抗肿瘤活性 [CUT&Tag]
• GSE297677 FTO 升高通过调节巨噬细胞炎症表型减轻脓毒症引起的急性肾损伤 [RNA-Seq]
• GSE283511 巨噬细胞中组成型雄甾烷受体在内毒素血症性肝损伤期间调节 Toll 样受体 4 介导的先天免疫反应
• GSE279679 软骨细胞中 ZNF148 的染色质免疫沉淀 DNA 测序 (ChIP-seq) 分析
• GSE277038 CDH11 通过调节线粒体能量代谢促进膀胱癌的进展。
• GSE275770 迷走神经感觉-交感神经轴抑制抗肿瘤免疫
• GSE273061 脂质过载诱导肝细胞癌 (HCC) 细胞三维基因组结构改变
• GSE272832 格雷夫斯病和格雷夫斯眼病患者外周血甲基化和转录组研究
• GSE283504 果蝇衰老14期卵泡的RNA测序
• GSE221490 新一代测序促进野生型和Wac B细胞条件性敲除活化B细胞转录组的定量分析
• GSE240527 TET1介导的DNA羟甲基化调控癌症中的铁死亡抵抗
• GSE240525 TET1介导的DNA羟甲基化控制癌症中的铁死亡抵抗[5hmC-seq]
• GSE311296 DNA甲基化介导小麦干旱条件下的转录稳定性和转座子驱动的转录调控
• GSE309487 醋酸甲羟孕酮抑制输卵管高级别浆液性癌小鼠模型中的肿瘤发生
• GSE309109 三维组织工程化吻侧迁移流中的星形胶质细胞转录组学
• GSE308916 蛋氨酸缺乏通过氧化应激和DNA损伤反应途径导致精原细胞凋亡
• GSE308655 叶酸缺乏症C57BL/6小鼠胚胎干细胞的Gcm1 ChIP-seq数据
• GSE308005 整合转录组学和生理生化分析揭示了羊草种皮中影响种子萌发的关键基因
• GSE305141 BM-MSC衍生的迁移体通过向胸腺上皮细胞递送Pin1逆转中风引起的胸腺萎缩和免疫抑制
• GSE304477 不同颜色苹果皮的转录组和代谢组学特征
• GSE304384 KAT2A 驱动的 SRSF11 琥珀酰化增强剪接体介导的 RAD52 剪接，从而促进肝细胞癌的同源重组和放射抗性 [RIP-seq]
• GSE303122 秀丽隐杆线虫亲代年龄选择影响子代抗逆能力
• GSE301654 小鼠和人小脑原代巢蛋白表达祖细胞神经球培养物的单细胞RNA测序
• GSE298884 Rosa26 Cas9表达小鼠的正常巨噬细胞信号传导和基因表达
• GSE295603 SF3B6 通过与 MDA-MB-231 细胞中的转录本表达和选择性剪接广泛相互作用并调节其表达来促进细胞增殖 [RNA-seq]
• GSE295531 小RNA测序揭示甲醛暴露对鸡胚肝脏microRNA谱的影响
• GSE295460 L-岩藻糖是一种候选单糖神经调节剂，可减轻阿尔茨海默病突触功能障碍 II
• GSE295285 L-岩藻糖是一种候选的单糖神经调节剂，可减轻阿尔茨海默病患者的突触功能障碍。
• GSE293719 Beclin1 缺陷通过 Wnt 和 BMP 信号通路的融合激活来解锁心脏谱系定向
• GSE291550 比目鱼变态过程中视觉系统重塑相关的DNA甲基化动态
• GSE289487 自我报告的种族作为外周动脉疾病差异甲基化的决定因素
• GSE287377 Lnc9101 和 Lnc8475 在针对流感病毒的先天免疫中的作用
• GSE284824 CRISPR/Cas9介导的MADD基因敲除诱导间变性甲状腺癌细胞发生细胞周期阻滞和凋亡
• GSE282408 非凋亡性 caspase-8 在严重 SARS-CoV-2 感染期间协调过度炎症反应中起关键作用
• GSE281210 后肢卸载诱导骨质疏松小鼠骨髓细胞转录组
• GSE281167 TET1通过重塑PAX8启动子中的组蛋白修饰来抑制甲状腺功能，从而下调其表达。
• 位于骨内膜区域的GSE272011 AE9a白血病细胞表现出富含缺氧和高Ddit4表达的转录特征
• GSE272010 Ddit4 缺陷导致 AE9a 诱导的白血病发展缺陷
• GSE255903 灵长类动物驻留记忆 T 细胞激活体液免疫和基质免疫 [CITE-seq]
• GSE253117 表观遗传修饰对尖孢镰刀菌基因表达的影响
• GSE245125 P2X4受体的缺失可通过降低癌细胞侵袭性和增强细胞黏附活性来减轻前列腺癌骨转移
• GSE310152 CD22 的缺失诱导 M2 样巨噬细胞中促炎转录组转变和内吞缺陷
• GSE309720 Sin3A介导的基因抑制对小脑神经发生的层级调控（ChIP-seq）
• GSE309707 史密斯-莱姆利-奥皮茨综合征患者来源的iPSC衍生星形胶质细胞的脂质代谢、线粒体呼吸和神经保护作用受损
• GSE309397 病毒编码的白细胞介素-6 (vIL-6) 与人IL-6协同作用，在KSHV感染期间调节细胞因子表达
• GSE308604 携带 ETV6:NTRK3 融合基因的骨外骨肉瘤经拉罗替尼成功治疗：病例研究 [Archer Fusion Plex Pan Solid Tumor v2 panel]
• GSE308521 磷脂酰丝氨酸和RhoB连接质膜上的磷脂酰肌醇4-磷酸和磷脂酸代谢
• GSE308423 PARP1基因调控靶点ADPRylation位点的全面功能映射[RNA-Seq]
• GSE304739 ATAC-seq 在拉帕替尼+他泽美司他处理的 SKBR3 细胞中
• GSE304622 KDM8 是胰腺癌缺氧诱导转移异质性的关键调控因子
• GSE304615 KDM8 是胰腺癌缺氧诱导转移异质性的主要调控因子 [WGS]
• GSE304608 KDM8 是缺氧诱导胰腺癌转移异质性的主要调控因子 [ChIP_Seq_K27ac]
• GSE304550 ALS相关TDP-43功能障碍损害UPF1依赖性mRNA代谢途径，包括选择性多聚腺苷酸化和3’UTR长度
• GSE304548 ALS 相关 TDP-43 功能障碍损害 UPF1 依赖性 mRNA 代谢途径，包括替代多聚腺苷酸化和 3’UTR 长度 [IPS_RNASeq]
• GSE304547 ALS 相关 TDP-43 功能障碍损害 UPF1 依赖性 mRNA 代谢途径，包括替代多聚腺苷酸化和 3’UTR 长度 [RIP-Seq]
• GSE304273 结直肠癌中超分子、外分子和细胞外囊泡分离及货物运输的综合分析
• GSE303723 GSK-A1抑制剂在HEK293细胞中抑制磷脂酰肌醇4-激酶IIIα (PI4KA) 的活性
• GSE300659 长链非编码RNA AFAP1-AS1通过促进SRSF相分离来促进AXIN2的选择性剪接，从而诱导肺腺癌的耐药性
• GSE299417 对假手术小鼠和接受异曲非林或载体治疗的单侧输尿管梗阻 (UUO) 小鼠的肾脏进行 RNA 测序。
• GSE297679 FTO 升高通过调节巨噬细胞炎症表型减轻脓毒症引起的急性肾损伤 [MeRIP-seq]
• GSE296267 Pld6缺陷小鼠精原细胞的DNA甲基化分析。
• GSE295115 综合多组学分析揭示对乙酰氨基酚诱导小鼠肾损伤的关键分子机制和激酶靶向治疗干预措施
• GSE293164 二甲双胍抑制肠上皮细胞线粒体复合物I以促进血糖控制
• GSE288008 Von Hippel-Lindau相关肾癌的肿瘤内和肿瘤间异质性
• GSE286324 成纤维细胞通过 NF-κB 激活调控炎症衰老（CD3+ T 细胞，TCR）
• GSE286241 BRAF抑制剂可增加TGFβ2的产生，并刺激内源性BRAFV600E诱导的肝细胞癌小鼠的转移。
• GSE283922 精神分裂症中一条非编码RNA风险通路，其中miR-137通过病理转录网络诱导lncRNA GOMAFU的表达
• GSE282564 Atsdr4l-5 dig2突变体种子的组织特异性RNA测序
• GSE282518 RNase E 突变对大肠杆菌软琼脂平板培养物全转录组表达谱的影响
• GSE282514 RNase E C 端截短突变体与野生型 RNase E 对大肠杆菌软琼脂平板培养物全转录组表达谱的影响
• GSE282251 多克隆竞争揭示 GATA2 缺陷细胞的细胞适应性受损 [ATAC-seq]
• GSE282250 多克隆竞争揭示 GATA2 缺陷细胞的细胞适应性受损 [RNA-seq]
• GSE276955 以 AML-iPSCs 为模型系统，靶向 Polycomb 治疗 KMT2A 重排 AML [RNAseq]
• GSE275792 通过锌掺杂磷酸钙涂层改性钛基植入材料可提高其耐腐蚀性、生物矿化性、抗菌功效和免疫相容性
• GSE273313 纳米材料特异性细胞扰动模式在单细胞分辨率下于肺部炎症期间
• GSE272542 脂质过载诱导的DNA双链断裂灶位于肝细胞癌基因组中
• GSE272428 SWI/SNF 复合物 ATPase 活性支持正常的合体滋养层分化并防止 EVT 分化 [ChIP-seq]
• GSE272427 SWI/SNF 复合物 ATPase 活性支持正常的合体滋养层分化并防止 EVT 分化 [ATAC-seq]
• GSE272425 SWI/SNF 复合物 ATPase 活性支持正常的合体滋养层分化并防止 EVT 分化 [RNA-seq]
• GSE271997 MASH相关肝细胞癌中环状RNA的m6A修饰和表达图谱
• GSE260898 肾脏去神经支配通过肾传入神经-脾神经轴减轻心肌缺血损伤后的心脏炎症反应
• GSE249586 不同N端催化活性的RNase E与全长RNase E对大肠杆菌软琼脂平板培养物全转录组表达谱的影响
• GSE256182 利用 PANDORA-seq 解码精子 RNA 衰老密码
• GSE222089 ubH2B CHIP-seq 在野生型和 Wac 条件性敲除活化 B 细胞中
• GSE296930 基质成纤维细胞突变体Trp53通过增强旁分泌因子的分泌促进乳腺肿瘤发展
• GSE283703 严重阻塞性睡眠呼吸暂停成年患者在 CPAP 治疗前后的转录组分析。
• GSE283582 热休克因子 1 控制跨物种的睡眠-觉醒周期 [RNA-Seq]
• GSE283234 鸢尾素通过 IL-33-ST2 通路改善肥胖和葡萄糖耐受不良
• GSE273079 去势通过 FosL1/AP-1 介导的转录重编程增加前列腺癌中前列腺腔祖细胞的侵袭性
• GSE249366 SMARCA5 的时空控制功能区分胰腺恶性肿瘤和组织再生 [ATAC-Seq]
• GSE249365 SMARCA5 的时空控制功能区分胰腺恶性肿瘤和组织再生 [RNA-Seq]
• GSE228206 利用转录组断层扫描技术对亨廷顿病模型小鼠脑进行全面的基因表达分析